Nagasaki  ligt aan de westkant van het op drie na grootste eiland Kyushu en is daarmee de meest westelijk gelegen stad van Japan. Door zijn geografische ligging heeft de stad vanouds contacten overzee gehad met buren als Korea en China, maar ook met de eerste westerlingen die Japan aandeden. Op 1 april 2008 had de stad 445.172 inwoners. De bevolkingsdichtheid bedroeg toen 1.100 inwoners per km2. De oppervlakte van de stad bedraagt 406 km2.
Nagasaki is vanouds een havenstad. In de baai van Nagasaki lag het kunstmatige eiland Deshima. Het eilandje bestaat niet meer, omdat dat deel van de baai is drooggelegd. Deshima is opgenomen in de stadsuitbreiding.

De naam Nagasaki doet vrijwel iedereen meteen denken aan de atoombom die de Amerikanen hier op 9 augustus 1945 tot ontploffing lieten komen. Dat was 3 dagen na de eerste atoombom op Hiroshima. Het grote verschil met Hiroshima is echter dat de bom in Nagasaki niet in het centrum van de stad is gevallen. Het belangrijkste doelwit in de stad was namelijk de Mitsubishi werf waar de oorlogsschepen werden gebouwd. Nagasaki werd pas heel laat op het lijstje met te bombarderen steden gezet. Kyoto heeft lange tijd op die lijst gestaan, maar is uiteindelijk geschrapt vanwege de vele tempels en schrijnen in die stad en omdat een liefhebber daarvan in de top van het Amerikaanse leger zat.

Het zuidelijke deel van Nagasaki is heuvelachtig. Op één van de heuvels ligt het Vredespark. In het park -Heiwa Koen- wordt de plek waar de Verenigde Staten 3 dagen na die op Hiroshima hun 2e atoombom, genaamd Fat Man, tot ontploffing brachten, gemarkeerd door een zwarte zuil. De nabijgelegen scheepswerven waren het doel.  Bij de ontploffing kwamen ongeveer 75.000 mensen om het leven, terwijl nog eens 75.000 gewond raakten. De stad werd na de oorlog weer volledig opgebouwd.

In het zuidelijke deel ligt ook een heuvelachtige wijk met kronkelende straten en mooie terrashellingen met restaurantjes. De straten zijn geplaveid met kinderhoofdjes. Ze worden Oranda Zaka genoemd: Hollandse Hellingen of Dutch Slopes. Vroeger stonden hier ooit houten Hollandse huizen, maar die zijn allemaal verdwenen.
In het noorden van de stad staat een bijzondere tempel: de Fukusai-ji. De tempel heeft de vorm van een reusachtige schildpad met op zijn rug een maar liefst 18 m hoog beeld van Kannon. Kannon is de Japanse vorm van de Bodhisattva van Groot Mededogen. Deze zeer populaire bodhisattva wordt in India Avalokiteshvara, in China Guanyin en in Tibet Chenrezig genoemd. Tibetanen geloven dat de Dalai Lama de fysieke representatie van Chenrezig is.

In Nagasaki staat ook het voormalige huis van Von Siebold, de Duitse arts die voor de Hollanders eerst op Deshima verbleef en later op het vaste land met z’n Japanse concubine woonde.

Niet te geloven, maar toch waar: in Nagasaki ligt een spectacles bridge. Deze door de Chinese zenmonnik Mokusu Nyojo in 1634 gebouwde brug is de oudste stenen brug van Japan. Door een spiegeling in het water lijkt hij een bril.