Fès werd gebouwd in 789 door Moulai Idriss I op de rechteroever van de rivier Qued Fès. Moulay Idriss I stichtte de Idrissiden-dynastie. In 808 besloot zijn zoon Idriss II van Fès een militaire basis te maken door de stad van muren te voorzien. Gedurende zijn regering werd Fès een opvangcentrum voor (politiek-religieuze) vluchtelingen uit Andalusië (Zuid-Spanje) en Kairouan (Tunesië).

Fès is de oudste van de 4 koningssteden. Het was eeuwenlang één van de belangrijkste spirituele en intellectuele centra van de islam. De Karaouine-moskee uit 859 is een van de oudste en beroemdste moskeeën in het westelijk deel van de moslim-wereld.
Fès was hoofdstad van Marokko totdat de Fransen kwamen en Rabat tot bestuurscentrum maakten. De kleur van de stad Fès is kobaltblauw. Dat is duidelijk te zien aan één van de toegangspoorten tot de stad, de Bab Boujeloud. De buitenkant van de poort heeft een helderblauwe kleur, de binnenkant is groen, de kleur van de islam.
Fès heeft zijn naam gegeven aan een typisch rond en rood hoofddeksel met een kwastje: de fez. Fès produceerde de karmozijnrode kleurstof voor het hoedje.

Fès bestaat uit drie delen: Fès el Bali, de oude stad, Fès el Jedid, het nieuwe Fès met de paleizen van de Sultano en Fès Nouvelle, het door de Fransen gebouwde Fès buiten de muren van de oude stadswijken.

De wijken in het oude Fès zijn genoemd naar de handwerklieden die daar werkten.  Zo is Haddadín (letterlijk: ijzerwerkers) de wijk van de koperslagers, Dabbaghín van de leerlooiers, Fachcharín van de pottenbakkers en Nadjdarín van de houtbewerkers.

De medina (oude stad) van Fès, die een omvang heeft van 3,6 km bij 1,5 km, is de oudste (9e eeuw) en dichtstbevolkte medina van Marokko. Er leven en werken bijna 310.000 mensen. De medina is beroemd vanwege haar gecompliceerde labyrint van steegjes. Gemotoriseerd verkeer is er verboden; ezels zorgen voor het vervoer. In het centrum van de medina liggen leerlooierijen, waar nog op traditionele manier huiden worden gelooid en geverfd. Vanwege de stank lopen toeristen er vaak rond met een takje mint onder hun neus.

De medina van Fès is door UNESCO tot Werelderfgoed verklaard.